Berikut ini adalah Struktur Organisasi di Balai Perawatan Perkeretaapian, Direktorat Jenderal Perkeretaapian, Kementerian Perhubungan

- SubBagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan pengelolaan urusan tata usaha, rumah tangga, kepegawaian, keuangan, hukum, dan hubungan masyarakat
- Seksi Perawatan Berkala mempunyai tugas melakukan perawatan dan pengendalian kualitas perawatan berkala sarana perkeretaapian milik negara.
- Seksi Perawatan Berat mempunyai tugas melakukan perawatan dan pengendalian kualitas perawatan berat sarana perkeretaapian milik negara.
- Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing sesuai peraturan perundang-undangan.